أبرزت انتخابات الرئاسة الخلافات السياسية بين القوى الإسلامية، إذ انقسم الإسلاميون لثلاث طوائف مختلفة، تكونت كل طائفة من عدد من الجماعات والأحزاب والشخصيات الإسلامية البارزة وتمحورت حول مرشح واحد. طائفة كبيرة من المستقلين تمحورت حول حازم صلاح أبوإسماعيل، وكان بينهم عدد من رموز التيار السلفى بشكله العام، بالإضافة إلى جماعة القطبيين بينما تمحور الإخوان وفريق من السلفيين حول المرشح الإخوانى محمد مرسى وتمحورت الدعوة السلفية وحزبها
